微生物指標是衡量食品質量安全、最常見、最重要的因素之一 。食品中如果含有超出一定數量的微生物，不僅會使食物變質、腐敗、失去營養價值，而且還會危害人類的健康和安全。食品中常見的微生物主要包括常規菌（菌落總數、大腸菌群、大腸桿菌、霉菌、酵母菌等）；致病菌(沙門氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌、單核增生李斯特、副溶血性弧菌等)；其他菌（乳酸菌、雙歧桿菌、商業無菌、阪崎腸桿菌等）。
食品致病菌是可以引起食物中毒或以食品為傳播媒介的致病性細菌。致病性細菌直接或間接污染食品及水源，人經口感染可導致腸道傳染病的發生及食物中毒以及畜禽傳染病的流行。食物中的致病菌是導致食品安全問題的重要來源。食品微生物中的致病菌限量是衡量食品安全標準的重要組成部份。食品安全國家標準《食品中致病菌限量》中制定了食品中各種致病菌的檢出量，在肉制品、水產制品、糧谷類制品、即食加工果蔬、飲料及冷凍飲品等多類食品中的限量要求，在主要常見致病菌中沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、副溶血性弧菌、單核細胞增生李斯特氏菌、大腸埃希氏菌等檢出量要求中，大家所熟知的沙門氏菌的檢出量為0，也就是說上述食品產品中不允許檢測出沙門氏菌。
