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嘉峪檢測(cè)網(wǎng) 2022-03-25 01:39
本文主要介紹了武漢艾米森生命科技有限公司研發(fā)的醫(yī)療器械“SDC2和TFPI2基因甲基化聯(lián)合檢測(cè)試劑盒(熒光PCR法)”的臨床前研發(fā)實(shí)驗(yàn)。
一、SDC2和TFPI2基因甲基化聯(lián)合檢測(cè)試劑盒的產(chǎn)品主要組成成分
表 1 試劑盒主要組成成分
二、SDC2和TFPI2基因甲基化聯(lián)合檢測(cè)試劑盒的產(chǎn)品預(yù)期用途
本產(chǎn)品用于體外定性檢測(cè)人糞便樣本中腸道脫落細(xì)胞的SDC2 和 TFPI2 基因的甲基化。
本產(chǎn)品適用于臨床醫(yī)師建議做腸鏡檢測(cè)的患者的輔助診斷,不能作為腫瘤早期診斷或確診的依據(jù)。檢測(cè)結(jié)果僅供臨床參考,具體臨床應(yīng)用時(shí),臨床醫(yī)生必須結(jié)合病例實(shí)際情況判斷。
陽性結(jié)果需要進(jìn)一步接受腸鏡檢查;陰性結(jié)果表示受檢者體內(nèi)有結(jié)直腸癌和/或進(jìn)展期腺瘤的可能性低,但并不能完全排除疾病風(fēng)險(xiǎn),必要時(shí)仍應(yīng)建議進(jìn)行腸鏡檢查。本產(chǎn)品不能替代腸鏡,不能用于普通人群的腫瘤篩查。
三、SDC2和TFPI2基因甲基化聯(lián)合檢測(cè)試劑盒的包裝規(guī)格
24 測(cè)試/盒、48 測(cè)試/盒、96 測(cè)試/盒。
四、SDC2和TFPI2基因甲基化聯(lián)合檢測(cè)試劑盒的產(chǎn)品檢驗(yàn)原理
本試劑盒采用的技術(shù)原理是甲基化特異性多重 PCR-熒光探針法。
本產(chǎn)品基于實(shí)時(shí)熒光 PCR 技術(shù)實(shí)現(xiàn)對(duì)糞便樣本中 SDC2 和TFPI2 基因甲基化的檢測(cè)。從人糞便樣本中獲得腸道脫落細(xì)胞基因組 DNA,然后用重亞硫酸鹽進(jìn)行轉(zhuǎn)化,并通過三重 PCR擴(kuò)增來測(cè)定亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化后的 DNA(bisDNA),從而檢測(cè)發(fā)生甲基化的 SDC2 基因 DNA 片段(ROX 信號(hào)通道)和 TFPI2 基因 DNA 片段(FAM 信號(hào)通道)以及內(nèi)控基因 ACTB(VIC 信號(hào)通道)。其中 ACTB(β-Actin)基因?yàn)槌S霉芗一?,用于評(píng)估檢測(cè)中樣本 DNA 含量和質(zhì)量,在每一次檢測(cè)中都同時(shí)檢測(cè)陽性對(duì)照和陰性對(duì)照。
本試劑盒適用的樣本為保存在武漢艾米森生命科技有限公司的細(xì)胞保存液中的糞便樣本,保存液能有效保護(hù)核酸不被降解。糞便樣本中特異性核酸提取的原理是利用偶聯(lián)靶基因探針的磁珠富集相關(guān)靶基因。重亞硫酸鹽的化學(xué)反應(yīng)把沒有發(fā)生甲基化的胞嘧啶進(jìn)行轉(zhuǎn)化,脫氨基反應(yīng)產(chǎn)生尿嘧啶磺酸鹽。轉(zhuǎn)化的原理是亞硫酸鹽離子通過親核反應(yīng)添加到胞嘧啶上,但是發(fā)生了甲基化的胞嘧啶不會(huì)被亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化。本產(chǎn)品對(duì)于 SDC2和 TFPI2 甲基化檢測(cè),在 SDC2 和 TFPI2 基因啟動(dòng)子與結(jié)直腸癌發(fā)生高度相關(guān)的 CpG 區(qū)域,針對(duì)經(jīng)過重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化后的序列分別設(shè)計(jì)了特異性引物和特異性熒光探針,可以在 PCR 反應(yīng)中專一地檢測(cè)出甲基化的序列。
五、SDC2和TFPI2基因甲基化聯(lián)合檢測(cè)試劑盒的主要原材料的選擇
該產(chǎn)品的主要原材料包括:引物、探針、Taq 酶和 dNTP,這些原材料均是通過外購的方式獲得。引物和探針均由艾米森自行設(shè)計(jì),由合成公司經(jīng)過合成、修飾和純化后獲得;Taq 酶由原材料供應(yīng)商克隆表達(dá)后獲得;dNTP 由供應(yīng)商化學(xué)合成獲得。艾米森對(duì)主要原材料進(jìn)行了供應(yīng)商的選擇,通過功能性實(shí)驗(yàn)篩選出合格供應(yīng)商,制定了各主要原材料的技術(shù)要求和質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)并經(jīng)檢驗(yàn)合格。
六、SDC2和TFPI2基因甲基化聯(lián)合檢測(cè)試劑盒的企業(yè)參考品和質(zhì)控品設(shè)置情況
該產(chǎn)品企業(yè)參考品包括陽性參考品、陰性參考品、精密度參考品以及檢測(cè)限參考品。企業(yè)參考品的主要原料為糞便樣本和細(xì)胞系,包括 SDC2基因相應(yīng)位點(diǎn)甲基化陽性的細(xì)胞系、TFPI2 基因相應(yīng)位點(diǎn)甲基化陽性的細(xì)胞系、SDC2 基因和 TFPI2 基因相應(yīng)位點(diǎn)甲基化陰性的細(xì)胞系。這些細(xì)胞系均經(jīng)過數(shù)字PCR及Sanger測(cè)序方法驗(yàn)證。
陽性參考品包括 10 種,分別命名為陽性參考品 P1-P10,其中陽性參考品 P1-P3 為一定 DNA 濃度下含不同比例甲基化SDC2 基因的單陽樣本;P4-P6 為一定 DNA 濃度下含不同比例甲基化 TFPI2 基因的單陽樣本;P7-P10 為一定 DNA 濃度下含不同比例甲基化 SDC2 基因和 TFPI2 基因的雙陽樣本。
陰性參考品包括 10 種,分別命名為陰性參考品 N1-N10。包括添加 SDC2 基因和 TFPI2 基因甲基化陰性細(xì)胞系的糞便樣本、添加 SDC2 基因和 TFPI2 基因甲基化陰性且其他消化道易共存基因甲基化陽性細(xì)胞系的糞便樣本、不同干擾疾病患者糞便樣本、含一定濃度不同干擾物質(zhì)的健康人糞便樣本。
精密度參考品包括 2 種,命名為精密度參考品 R1 和 R2,為一定 DNA 濃度下含不同比例甲基化 SDC2 基因和 TFPI2 基因的雙陽樣本。
檢測(cè)限參考品包括 3 種,分別命名為檢測(cè)限參考品 L1-L3,其中檢測(cè)限參考品 L1 為一定 DNA 濃度下含低比例甲基化SDC2 基因的單陽樣本;L2 為一定 DNA 濃度下含低比例甲基化TFPI2 基因的單陽樣本;L3 為一定 DNA 濃度下含低比例甲基化 SDC2 基因和 TFPI2 基因的雙陽樣本。
本試劑盒設(shè)置了陽性對(duì)照質(zhì)控品,為一定濃度的陽性 DNA 樣本,用于檢測(cè)過程中試劑和儀器的質(zhì)量控制;此外,每一個(gè)反應(yīng)中均檢測(cè)內(nèi)參基因 ACTB,用于結(jié)果的判讀及監(jiān)測(cè)樣本的質(zhì)量。
七、SDC2和TFPI2基因甲基化聯(lián)合檢測(cè)試劑盒的生產(chǎn)工藝及反應(yīng)體系研究
艾米森對(duì)試劑盒反應(yīng)體系的研究包括引物探針濃度的確定、Taq 酶濃度的確定、dNTP 濃度的確定、PCR buffer 濃度的確定、陽性對(duì)照品濃度的確定、單多重體系的驗(yàn)證等;對(duì) PCR反應(yīng)條件的研究包括預(yù)變性時(shí)間、退火溫度和擴(kuò)增循環(huán)數(shù)的優(yōu)化;對(duì)樣本的用量以及樣本保存時(shí)間進(jìn)行了研究;對(duì)檢測(cè)結(jié)果的閾值和基線進(jìn)行了研究。通過功能性實(shí)驗(yàn),最終確定了最佳的反應(yīng)體系。
艾米森根據(jù)試劑盒中試劑及組件的主要生產(chǎn)工藝的研究結(jié)果,確定了最佳的生產(chǎn)工藝。
八、SDC2和TFPI2基因甲基化聯(lián)合檢測(cè)試劑盒的分析性能評(píng)估研究
該產(chǎn)品分析性能評(píng)估內(nèi)容包括準(zhǔn)確度、精密度、分析靈敏度、分析特異性、不同包裝規(guī)格性能的研究和核酸提取試劑及核酸純化試劑性能研究,同時(shí)對(duì)糞便樣本穩(wěn)定性、糞便樣本核酸提取液穩(wěn)定性、糞便樣本核酸轉(zhuǎn)化液穩(wěn)定性進(jìn)行了研究。
準(zhǔn)確度研究中,艾米森分別用三批試劑盒在三種適用機(jī)型上對(duì)陰性參考品和陽性參考品進(jìn)行檢測(cè),檢測(cè)結(jié)果顯示陰性參考品符合率、陽性參考品符合率均為 100%。同時(shí)使用若干臨床樣本對(duì)試劑盒準(zhǔn)確性進(jìn)行了研究,結(jié)果顯示試劑盒檢測(cè)結(jié)果與Sanger 測(cè)序結(jié)果一致。
精密度研究中,艾米森使用不同濃度和不同甲基化比例的臨床樣本,分別對(duì)三批次試劑盒在三種適用機(jī)型上由兩位操作者在20天進(jìn)行連續(xù)的檢測(cè)。結(jié)果顯示試劑盒對(duì)臨床樣本的批內(nèi)、日內(nèi)、運(yùn)行間、批次間、日間、人員間、設(shè)備間和實(shí)驗(yàn)室間的檢測(cè)變異系數(shù)均小于等于 5%。
分析靈敏度研究中,艾米森配制不同濃度、不同甲基化比例的模擬樣本,每濃度梯度使用三批試劑盒分別在三種適用機(jī)型上檢測(cè) 20 次,將檢出率大于等于 95%的最低濃度水平確定為最低檢測(cè)限;檢測(cè)限的驗(yàn)證為使用連續(xù)生產(chǎn)的三批試劑盒在三種適用機(jī)型上對(duì)最低檢測(cè)限濃度水平的臨床樣本檢測(cè) 20 次。檢測(cè)結(jié)果顯示該產(chǎn)品的最低檢測(cè)限為1×104 copies/µL野生型DNA背景下 1%的 SDC2 和TFPI2 甲基化 DNA。
分析特異性研究包含交叉反應(yīng)研究和干擾研究:交叉反應(yīng)研究中,用三批試劑盒檢測(cè)轉(zhuǎn)化前的結(jié)直腸癌糞便樣本、非目標(biāo)的其他結(jié)直腸癌相關(guān)基因甲基化陽性的糞便樣本和常見腸道微生物樣本,均無交叉反應(yīng);用三批試劑盒檢測(cè)其他惡性腫瘤患者糞便樣本,包括胃癌、食管癌、肝癌、胰腺癌、膽管癌、尿路上皮癌、前列腺癌、宮頸癌、甲狀腺癌和肺癌共 10 種惡性腫瘤,結(jié)果顯示,該產(chǎn)品與胃癌、食管癌、胰腺癌、尿路上皮癌、前列腺癌、宮頸癌存在一定的交叉反應(yīng),與其他惡性腫瘤無交叉反應(yīng)。同時(shí)進(jìn)行了風(fēng)險(xiǎn)分析。干擾試驗(yàn)結(jié)果顯示,糞便樣本中分別含有以下干擾物:1.07 mg/mL 布洛芬、1.2 mg/mL 黃連素、12 mg/mL 蒙脫石散、0.27 mg/mL 頭孢、2 mg/mL 通便靈、0.04 mg/mL 嗎丁啉、0.8 mg/mL 氧氟沙星、0.83 mg/mL 開塞露、4 mg/mL 痔瘡膏、0.16 mg/mL 奧美拉唑、4 mg/mL 硬脂酸、2 mg/mL 軟脂酸、100 μg/mL 動(dòng)物 DNA、100 μg/mL 植物 DNA、30 mg/mL 甘油三酯、60 mg/mL 血紅蛋白、20 mg/mL 膽紅素均不干擾本試劑盒的檢測(cè)結(jié)果。
使用三批不同包裝規(guī)格(24 測(cè)試/盒,48 測(cè)試/盒,96 測(cè)試/盒)的試劑盒進(jìn)行陰性參考品符合率、陽性參考品符合率、檢測(cè)限和精密度研究,結(jié)果表明,該產(chǎn)品不同包裝規(guī)格檢測(cè)結(jié)果性能無差異。
艾米森采用臨床糞便樣本進(jìn)行了核酸提取試劑性能研究和核酸純化試劑性能研究,并根據(jù)與該產(chǎn)品的組合性能研究結(jié)果,確定推薦的核酸提取試劑和核酸純化試劑符合檢測(cè)要求。
九、SDC2和TFPI2基因甲基化聯(lián)合檢測(cè)試劑盒的陽性判斷值或參考區(qū)間研究
該產(chǎn)品陽性判斷值的研究采用臨床來源糞便樣本。474 例樣本包括結(jié)直腸癌患者樣本、進(jìn)展期腺瘤樣本、非進(jìn)展期腺瘤樣本、結(jié)直腸息肉樣本、結(jié)直腸炎癥樣本、淋巴瘤樣本、胃息肉樣本、胃炎樣本、神經(jīng)內(nèi)分泌癌樣本、食管瘤樣本、痔瘡樣本、其他消化系統(tǒng)良性疾病樣本、腸道無異常樣本。
采用百分位數(shù)法確定內(nèi)標(biāo)基因的 Ct 值范圍,采用 ROC 曲線法確定靶標(biāo)基因陽性判斷值。內(nèi)標(biāo)基因 Ct 值≤36 時(shí)判定為樣本合格;在確定樣本檢測(cè)結(jié)果有效的情況下,確定了 SDC2 和TFPI2 基因的 Cutoff 值均為 Ct≤38。當(dāng) SDC2 基因和 TFPI2 基因的 Ct≤38 時(shí)判斷為對(duì)應(yīng)基因陽性;當(dāng) SDC2 基因和 TFPI2 基因的 Ct 值>38 或顯示 Unde 時(shí)判斷為對(duì)應(yīng)基因陰性。樣本檢測(cè)結(jié)果中,SDC2 基因和 TFPI2 基因任一基因?yàn)殛栃詣t樣本為陽性, SDC2 基因和 TFPI2 基因同時(shí)為陰性則樣本為陰性。
十、SDC2和TFPI2基因甲基化聯(lián)合檢測(cè)試劑盒的穩(wěn)定性研究
艾米森對(duì)該產(chǎn)品的穩(wěn)定性研究包括貨架效期穩(wěn)定性、開封穩(wěn)定性、凍融穩(wěn)定性和運(yùn)輸穩(wěn)定性。 貨架效期穩(wěn)定性:選擇三批次試劑盒置于-20 ℃±5 ℃條件下保存,在效期的第 0、3、6、9、12、13 個(gè)月各進(jìn)行一次檢測(cè),對(duì)試劑盒外觀、企業(yè)參考品及陰/陽性對(duì)照品檢測(cè)的結(jié)果顯示:試劑盒在生產(chǎn)后保存至13個(gè)月各項(xiàng)性能指標(biāo)均符合產(chǎn)品技術(shù)要求,產(chǎn)品有效期可達(dá) 12 個(gè)月。
此外,艾米森對(duì)產(chǎn)品的運(yùn)輸穩(wěn)定性、開封穩(wěn)定性等分別進(jìn)行了研究。結(jié)果顯示,產(chǎn)品的性能均滿足產(chǎn)品說明書的聲稱。
來源:嘉峪檢測(cè)網(wǎng)