在食品生產加工過程中，由于人員、環境、設備設施、原輔料和包裝材料、其他與產品接觸面、生產加工工藝等多方面因素的影響，容易在食品中引入致病菌。無論是食品安全管理體系，還是危害分析與關鍵控制點（HACCP）體系，根據HACCP原理，對微生物的控制和管理要從以上方面進行充分的危害分析，特別針對不同食品中易產生的致病菌進行識別，確定可接受水平，制定相應的控制措施并實施控制，從而預防因致病菌導致食品安全事故的情況發生，為企業減少損失和降低風險。
一、食品生產中可能存在的致病菌
食品中的致病菌是指可以引起食物中毒或以食品為傳播媒介的致病性細菌。常見的致病菌主要有金黃色葡萄球菌、沙門氏菌、肉毒梭狀芽孢桿菌等。
致病性細菌直接或間接污染食品和水源，人經口感染可導致腸道傳染病的發生、食物中毒以及畜禽傳染病的流行。食源性致病菌是導致食品安全問題的重要來源。
致病菌會產生內毒素和外毒素。外毒素主要是由革蘭氏陽性菌產生（肉毒毒素、金黃色葡萄球菌等），內毒素（熱原）主要由革蘭氏陰性菌產生（脂多糖）。致病微生物引起食物中毒發生的機理主要有感染型（內毒素）、毒素型（外毒素）和混合型三種。
食品中致病菌限量執行：《GB29921-2013 食品安全國家標準 食品中致病菌限量》給出了食品中致病菌的控制要求和可接受水平。
二、控制措施
（一）基礎控制措施實施
食品安全管理體系中的前提方案（PRP），HACCP體系中的良好生產規范（GMP）。主要有：
1、中國國內食品企業
中華人民共和國食品安全法
衛生部的PRP和GMP包括:總則和部分食品生產單獨制定的專則（歡迎關注：CHINA-HACCP）
食品生產通用衛生規范GB14881-2013-我國食品PRP和GMP的總則
（ 1）罐頭廠衛生規范GB8950
（ 2）肉類加工廠衛生規范GB 12694
（ 3）白酒廠衛生規范GB8951
（ 4）啤酒廠衛生規范GB8952
（ 5）果酒廠衛生規范GB12697
（ 6）葡萄酒廠衛生規范GB 12696
（ 7）黃酒廠衛生規范GB 12698
（ 8）飲料企業良好生產規范GB 12695
（ 9）食品安全國家標準乳制品良好生產規范GB12693
（ 10）膨化食品良好生產規范GB 17404
（ 11）保健食品良好生產規范GB 17405
（ 12）醬油廠衛生規范GB 8953
（ 13）食醋廠衛生規范GB 8954
（ 14）巧克力廠衛生規范GB 17403
（ 15）蜜餞企業良好生產規范GB 8956
（ 16）糕點廠衛生規范GB 8957
（ 17）食用植物油廠衛生規范GB8955
（ 18）面粉廠衛生規范GB 13122 等
以及可采用或參考的推薦性標準（如:配合飼料企業衛生規范、GB/T16764、食品加工用酶制劑企業良好生產規范GB/T23531等）
另外：在食品安全管理體系中的結合29個食品行業專項技術要求實施（如：GB/T27301—GB/T27307，CCAA0001—CCAA0022）
2、中國出口食品企業
除了遵守以上國內相關要求外，還應遵守出口食品生產企業安全衛生要求-通用準則、專則共10類，包括肉類屠宰加工、罐頭、水產品、飲料、速凍方便食品、速凍果蔬、脫水果蔬、腸衣、茶葉、泡菜生產企業注冊衛生規范，出口國的相關要求（如：歐盟微生物限量、日本食品衛生法、美國食品生產企業GMP法規等）。
根據以上要求轉化成企業的具體要求，加以實施。
（二）對面上的致病微生物控制
對面上的致病微生物控制一般是指食品安全管理體系中的操作性前提方案（OPRP）、HACCP體系中的衛生標準操作程序（SSOP），
有些致病菌需要通過OPRP或SSOP控制措施的實施和CCP（關鍵控制點）的實施才能達到預期的控制效果，滿足可接受水平的要求。
通過實施OPRP或SSOP反映食品衛生質量的細菌污染指標的控制程度可分為二個方面進行監控，一是菌落總數（環境污染），二是大腸菌群（個人衛生）。
菌落總數、大腸菌群檢測可按照：GB4789的檢測方法進行，可接受水平根據具體產品的執行標準確定。
OPRP和SSOP主要控制方面：
1、與食品或食品接觸表面接觸的水或生產用冰的安全
2、食品接觸表面的狀況和清潔
3、防止交叉污染
4、洗手、手消毒和衛生間設施的維護
5、防止外來物質對食品、食品包裝材料和與食品6接觸的表面污染
6、正確標識、存放和使用有毒化合物
7、員工健康狀況的控制，避免對食品、食品包裝材料和與食品接觸的表面造成微生物污染
8、害蟲的滅除
9、廢棄物的處置和管理
其他相關可操作性的要求（如儲存、運輸、車間溫度控制……）
（三）對點上的致病微生物控制
控制致病菌危害常用的方法有：
1、控制pH值
pH 4.6是酸性食品和低酸性食品的分界限。
肉毒桿菌孢子不能在pH4.6以下的酸性食品中發育及產生毒素，肉毒桿菌在pH值小于4.8時，不會產生毒素，要使得低酸食品成為酸性食品，可以采用直接添加酸，或者通過發酵產酸的方式。這個過程稱為酸化，酸化的目標通常為pH<4.6
2、控制水分活度
微生物對水分活度的最低要求如：霉菌0.75、酵母菌0.88、肉毒桿菌0.93、金黃色葡萄球菌0.85、沙門氏菌0.93，等等，當水分活度<0.93時，大部分微生物生長受到抑制。
水分活度0.85是致病菌生產并產毒的界限（根據金葡產生毒素的最低水分活度得來），水分活動在0.85以上的是高風險食品。（水分活度低于0.6為致病菌污染低風險食品、水分活度0.6-0.85為致病菌污染中等風險食品、水分活度高于0.85為致病菌污染高風險食品）
控制水分活度的兩種傳統方法：干燥（總水分，自然干燥—暴曬、陰干；人工干燥—熱空氣、噴霧、真空、冷凍）或腌制（游離水，鹽或糖）
3、冷藏和冷凍
某些食品（如：水分活度>0.93、pH>4.6等）置于微生物繁殖的危險溫度（5℃-46℃）區間的時間盡量不要超過4小時，超過以后容易感染致病菌，并導致致病菌的大量繁殖。
在加工過程中有些場所或設備的溫度應控制在0-4℃（如禽類屠宰分割的預冷工序、肉制品的腌制工序、畜類屠宰分割過程中的預冷排酸、水果蔬菜等某些食品的保鮮等）， 冷凍一般控制在冷凍溫度在-28℃以下，冷藏溫度一般控制在-18℃以下，冷藏溫度對控制病原菌的生長確實起到了很好的作用，但李斯特菌和耶爾森氏菌在接近凍結點時仍可生長。
4、熱處理
1)熱力殺菌的原理：a)酵母菌的大部分營養細胞在50-58℃下10-15min，孢子細胞在60℃下10-15min，即會死亡，若加熱到100℃，所有酵母在數分鐘內死亡。b)大多數霉菌菌絲和孢子在60℃下經5-10min會死亡。C)細菌具有更強的耐熱性，在70℃下30min后死亡。細菌孢子在100℃下耐受數小時也不死亡（歡迎關注：CHINA-HACCP）。d)食品中大多數酶，在70-80℃情況下就會失活。
熱力殺菌主要是利用高溫使細菌菌體變性或凝固，酶失去活性，而使細菌死亡。高溫變可導致細菌的膜可能損傷而使小分子物質以及降解的核糖體漏出。
2)熱力殺菌是最可靠而普遍應用的殺菌法，包括濕熱殺菌和干熱殺菌法：
濕熱殺菌主要有：煮沸法、流通蒸汽殺菌法、間歇殺菌法、巴氏消毒法、高壓蒸汽殺菌法.
干熱殺菌主要有：干烤、燒灼和焚燒、紅外線、微波
按殺菌過程可分為：（1）間歇式殺菌、（2）連續式殺菌
3)在熱力殺菌過程中要確定相關的殺菌值：
F值：即在恒定的加熱標準溫度條件下（121℃或100℃），殺滅一定數量的細菌營養體或芽胞所需要的時間（min)，也稱為殺菌效率值、殺菌致死值或殺菌強度。
D值：即在指定的溫度條件下(如121.℃、100℃等）殺死90%原有微生物芽孢或營養體細菌數所需要的時 (min)
Z值：表示使加熱致死時間變化為10倍時所需的溫度。
從而確定殺菌公式。
對于水分活度大于0.85的高風險食品，生物危害的控制目標應當在6D-12D，達到滅菌效果。
內毒素有很強的耐熱性，在121℃、30分鐘的干熱環境下無法破壞其活性，只能經過180-200℃、30-60分鐘干熱才能處理。
對于加工環境，生物危害的控制目標應當在3D達到滅菌效果。
輻射加工，是指將電子加速器(0.2MeV~10MeV)產生的電子線(β射線)或放射性同位素(Cs-137或Co-60)產生的γ射線的能量轉移給被輻照物質，電離輻射作用到被輻照的物質上，產生電離和激發，釋放出軌道電子，形成自由基，通過控制輻射條件，而使被輻照物質的物理性能和化學組成發生變化并能使其成為人們所需要的一種新的物質，或使生物體(微生物等)受到不可恢復的損失和破壞，達到人們所需要的目標。這種新的加工技術稱為輻射加工技術。比如，使高分子材料分別實現接枝、聚合、裂變或交聯，抑制或刺激生物生長，有效地殺滅害蟲、蟲卵、致病菌等。
可能使用到主要品種1）特殊食品:病人食用的無菌食品。2）脫水食品:洋蔥粉、八角粉、蝦粉、青蔥、辣椒粉、蒜粉、蝦仁等脫水產品。3）延長貨架期的食品:月餅、袋裝肉制品、果脯等產品。4）凍品:凍魷魚、凍蝦仁、凍蟹肉、凍蛙腿等產品。5）保健品:減肥茶、洋參、花粉、靈芝制品、袋泡茶、口服美容保健食品、螺旋藻等。
根據以上的控制方法、食品類別、食品的預期用途等確定食品相關的CCP（關鍵控制點）實施控制。
