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樣品過濾，旨在進樣前除去樣品中的顆粒物，該過程普遍存在于樣品制備工作流程中，我們應當對我們使用的過濾器給予足夠的關注。過濾器主體和過濾器材料有許多種，使用的樣品性質和溶劑種類將決定我們如何選擇。下圖總結了典型的過濾材料及其應用（溶劑和pH相容性），以表明選擇正確過濾材料的重要性。

以上所述的濾膜材料僅是品類繁多的濾膜材料中的一部分，有關過濾器材料的化學相容性和各種應用類型適用性的更多信息，可以進一步咨詢供應商，但是必須指出的是濾膜與待研究的目標化合物之間的相容性供應商可能是缺乏相關數據的，需要研究者自行設計實驗進行研究。

當使用有機溶劑或更極端的pH水平時，必須確保濾膜不會發生降解或溶解，一般最常見的情況是濾器組件中相關成分浸出到濾液中。任何浸出成分均可作為色譜圖中的干擾物，影響分析的定性和定量，特別是使用質譜檢測器、CAD檢測及RID檢測器等通用型檢測器時，當然，紫外檢測器的低波段也可能出現干擾物的峰，甚至在250nm、280nm這類非低波長下某些項目中我們也觀察到了干擾峰。對這類干擾峰的排除，可使用等分試樣（對于大多數注射器式過濾器，1~2 ml一般足夠）慢速沖洗過濾器進行預清洗。這種方法可以在許多應用中顯著地改善色譜圖中的未知峰。極端情況下，可以先采用10ml左右的空白溶劑緩慢沖洗濾器，再使用前述方式沖洗，一般均可解決。更極端的情況是以上辦法均不行，那么一般認為該品牌或該材質的濾器與本次過濾的樣品溶液并不相容，需要更換濾膜材質或品牌。

分析物吸附是有時會遇到的問題，它會嚴重影響方法的定量性能，因為不同過濾器的吸附程度不同，它會受到樣品基質變化的影響。在應用方面，尼龍和玻璃纖維材料對蛋白質和多肽表現出非常高的結合性，聚偏二氟乙烯(PVDF)或聚醚砜(PES)過濾器一般要合適得多。親水性膜（如PVDF和聚四氟乙烯(PTFE)）對低分子量分析物的非特異性結合相比之下最低。在方法開發過程中，應始終通過評估過濾和未過濾樣品（除微粒含量最高的樣品外，通常可能使用所有樣品）中各分析物的儀器響應值，進行過濾器與分析物的結合研究。

對于顆粒非常多或分布不均的分析物，如固體制劑樣品溶液及含固體催化劑/非均相反應監控液等的過濾，增加預過濾器（如垂熔漏斗及更大孔隙的濾膜等）或采取先離心再過濾的方式可以避免堵塞較低孔隙率的膜，這樣操作一般至少可以實現高于直接過濾5倍以上的樣品通過。需注意的是，大多數預過濾器為玻璃纖維，與蛋白質過濾不相容，應確定使用PVDF或PES預過濾器材料的過濾器。

關于過濾器尺寸的選擇，實踐中往往會忽視，選擇正確的過濾器尺寸是一個權衡的過程。大直徑過濾器允許樣品在較低壓力下快速通過，且較少堵塞。然而，接觸面積的增大使得它們具有較高水平的浸提物、較高的非特異性分析物結合和較大的滯留體積的風險。對于小于2ml的樣品量，可使用4 mm過濾器；對于大于2ml的樣品，可使用13 mm過濾器。建議對樣品需求量不高的情況下，盡量使用直徑較小的過濾器，以避免不必要的污染和吸附，關于過濾器孔隙，有條件的建議均使用0.22μm及以下，0.45μm孔徑也可以用于常規液相色譜，但不建議用于管路更細、壓力更高的液相色譜系統（如UHPLC等）。