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DNA凝膠回收常見問題

嘉峪檢測網        2025-01-02 08:44

DNA凝膠回收即從瓊脂糖凝膠中提取DNA的過程,大致經過切膠、溶解、離心分離等步驟,常規回收過程一般使用試劑盒實現,其常見問題及注意事項如下:

 

1.對于需要回收的DNA,跑膠時應選擇梳齒寬、薄的梳子,同時保證上樣量充足。

 

2.切膠過程中,若不確定條帶具體位置,可在紫外照射下進行,快速切膠,防止紫外照射時間過久導致DNA變性。同時,切膠的刀片保持干凈,防止污染,切膠時盡量只切有條帶的膠,減小切膠體積,但務必保證將條帶膠全部切下,將切下的膠塊切小后全部收集到離心管內。

 

3.加入溶解液溶膠時,在55℃-65℃的水浴(具體溫度由說明書決定)中進行,同時2-3min震蕩混勻一次,保證瓊脂糖凝膠充分溶解,否則易導致回收效率過低,正常全部溶解后溶液呈淡黃色。

 

4.過柱過程中保持柱子和回收管干凈,每一步充分離心,同時保證每一步加入正確的試劑。

 

5.洗脫液提前在55℃-65℃水浴中溫浴。

 

6.加入洗脫液前,將柱子開蓋,室溫晾5-10min左右,最大程度上將酒精揮發干凈,酒精污染也是后續影響A260/A230比值的重要因素。

 

7.加入洗脫液體積不宜太多,以30-50μl為宜,洗脫液太多會造成回收濃度過低,洗脫液量太少則不宜洗脫,加入洗脫液時快速垂直滴到膜中央。加入后需靜置一定長的時間,充分洗脫。同時,洗脫液最后也可用實驗用的超純水,但需保證PH值在7.0-8.5之間。

 

8.測濃度時,重點關注A260/A280的比值,以1.8-2為宜。若回收成功無污染,A260/A230比值一般在1.8以上。

 

9.凝膠回收試劑盒中,部分試劑需加入無水乙醇后再使用,同時注意試劑需在有效期內。

 

在實際膠回收的過程中,按說明書常規操作也會出現回收效率低、回收產物污染等情況,以我做實驗為例,在回收過程中均按說明書操作,測濃度時比值較低,如下圖所示:

 

 

 

在經過重復實驗比值仍未提高的基礎上,我們繼續往下做了后續的實驗,對后續的實驗影響不太明顯。同時,為提高A260/A230的比值,我們在回收結束后繼續做了純化,也由試劑盒完成,純化后DNA濃度會比純化前更低,但比值正常,因此在實際DNA凝膠回收的過程中,可根據回收前的DNA濃度選擇是否進行二次純化。

 

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來源:實驗老司機

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